もめないためには、どういう対策があるか？

お義父様は、昔気質の方でしょうか。戦前の民法では家父長制といって長男に優先相続権がありましたが、現行憲法では男女平等に基づき（近年の判例では婚外子との平等も問題となりました）、子供の間では法定相続分は等しく規定されます。
お孫さんに当たるAさんが養子になった場合、配偶者が既に亡くなられているのであれば、長女の方と二女の方を含め法定相続分は１/３ずつとなり、遺留分は１/６となります。したがって、最低でも１/６相当額については、遺言によっても完全に排除することはできません。
法的には上記帰結になりますが、次女の方とAさんで合計５/６取得するとなると、長女の方としては不公平感は否定できないのではないかと思います。
「もめない」ということを最重視するのであれば、長女の方の主張通り１/２を分配することになるかと思いますが、それではAさんを養子にする意味がないでしょう。
その他、現在の遺留分に相当する１/４を長女の方に分配する等の妥協案も考えられますが、それでももめることが想定されます。後は、法的帰結を優先するか、紛争の早期解決を優先するか、という判断になるかと思います。
お父様の遺言作成も慎重に検討する必要がありますので、弁護士への依頼を検討されてはいかがでしょうか。