相続申告のセカンドオピニオン

平成17年に妻が相続時精算課税を使い母親より3000万の贈与を受けました内1000万は住宅資金特別控除。
上記なので贈与税は発生しませんでした。
贈与を受けた妻が平成21年に亡くなり、昨年贈与をしてくれた義理母が亡くなりました。
義理母の相続人は妻の姉一人です。
義理姉に亡き妻が相続時精算課税で3000万の申告をしているのでこれをプラスして義理母の相続申告してくれるように依頼しました。
義理姉は土地家屋＋預貯金で3608万の相続があった様です(詳細は不明)。
それに我が家の3000万をプラスして葬儀費用をマイナスして結果、相続税申告書の課税金額は64725000円でした。
一つ気になるのが、我が家の相続時精算課税の3000万のうちの住宅資金特別控除の1000万も今回相続申告額に入っているのですがこれは控除されて良かったのではないのでしょうか？
義理姉の依頼した税理士は平成27年に法律改正があり住宅資金特別控除の1000万は相続申告の際には控除されないというのですが。
又、私は亡き妻に変わって相続を継承された立場になるので相続支払い額が2割増しになると思うのですがこれも近年法律が変わったという事はありますでしょうか？
細かい事ですが、今回担当して頂いた税理士は私方には一度も連絡してくる事もなく説明もなく、必要書類も全て義理姉からの依頼でありました。
義理姉と揉める様な事もしたくありませんし、納税をすることにも納得はしています。
が、上記の質問をこちらから税理士に問い合わせたところヒステリックな対応をされた為に話にならず取りあえずは申告期限が迫っていた事もあり税理士が作成した相続税申告書のまま納税しましたが。
気持ちが晴れず、きちんと納得したいと思いご相談させて頂きました。