遺産分割協議書に押印しても行使されないのではないか不安です。

確実に売却代金を回収したいということであれば、妹さんの単独所有とはせず、共有状態のまま共有者全員の同意に基づき第三者に売却し、決済と契約書への署名押印を同時に行う方法が考えられます。
妹さんの任意整理が絡む場合、債権者への弁済を含めて対応を検討する必要があります。
上記の方法の場合、相続税申告の際、小規模宅地等の特例適用の範囲が少なくなるか不適用となる可能性がありますが、代金回収の確実性と相続税対策いずれを重視するかによります。
妹さんの単独取得とした上で代金支払いまで所有権移転登記手続を留保する方法も考えられますが、不確実性が高くなる可能性があります。

遺産分割協議書に売却金額の半額を妹が私に支払うとかかれそれに押印するようにと言われましたが、売却後に妹が自己破産をし、私にそのお金が支払われないという可能性はありますか？　また、それを阻止する方法はありますか？

多少税金がかかっても、共有かあなた名義にしたほうが良いでしょうね。
そしてあなた側で処理するということになるでしょう。
妹さん単独名義にしたとたんに差し押さえられる危険もありますし。